Leon Leyson is pas tien jaar oud als de nazi's Polen binnenvallen en hij en zijn familie naar het getto van Krakau worden gedeporteerd. Leon komt in concentratiekamp Plaszow terecht, waar hij de dodelijke grilligheid van kampcommandant Amon Goeth moet zien te overleven. Tot hij door Oskar Schindler wordt opgemerkt en in diens fabriek aan het werk kan, ook al is hij zo klein dat hij op een kist moet staan om de machines te kunnen bedienen. Met een ongelooflijke hoeveelheid moed en doorzettingsvermogen weten Leon en een deel van zijn familie te overleven, maar uiteindelijk zal het lef van één man het leven van de Leysons redden: Oskar Schindler, en zijn inmiddels wereldberoemde lijst.

De jongen op het houten kistje is het ontroerende en krachtige verhaal van een onschuldige jongen die een van de wreedste periodes in de geschiedenis van Europa moest zien te overleven.